不一定，也可以指女的。诸侯的女儿亦称“公子”。
公子在古汉语中主要表示“称谓”，有两层意思：
A.古称诸侯的儿子：
《仪礼.丧服》：“诸侯之子称公子。”
《诗.周南.麟之趾》：“麟之趾，振振公子。”
B.诸侯的女儿亦称“公子”：
《公羊传.庄公元年》：“群公子之舍则以卑矣。”何休注：“谓女公子也。”
小公子指的是男孩，小公主指的女孩。也有人家称男孩为大少爷，大小子等。公子公主都是过去的叫法，因都是大户富贵人家对小孩的呢称，现在也有人家称自己刚出生的小孩，多数是别人在恭喜你家添丁时说的较多，孩子稍大一点，只有朋友间会恭维的称呼，公开场合基本不这样称呼，因为听起来有点俗。
是的，你家的小公子就是你家儿子的意思。